Los agujeros por sí mismos no suelen ser un gran problema. En general, son bastante pequeños, por lo que a las frecuencias de mayor interés (generalmente < 1 GHz), tienen una fuga muy baja. Las costuras largas son un problema (incluso si son extremadamente delgadas), pero no su agujero promedio de 1/2 "- 3/4" de diámetro. Hay señales de mayor frecuencia (radios wifi, señalización PCIe / SATA, cpu cores), pero generalmente están bien confinadas, protegidas individualmente; por ejemplo, la mayoría de las radios wifi vienen como módulos blindados con una salida de antena. No estoy diciendo que no puedas tener problemas de EMI a 5 GHz, pero más a menudo te metes en problemas en los 100s de MHz.
El problema con los orificios es que generalmente hay cables que los atraviesan. Los cables actúan como antenas si no están adecuadamente protegidos, conectados a tierra y filtrados. En particular, realmente desea tener sus blindajes de cable conectados eléctricamente al gabinete justo en el punto de penetración, de lo contrario puede conducir el ruido desde el interior del gabinete hacia el exterior.
Por lo tanto, no sé si los orificios en el mismo lado o en el lado opuesto son técnicamente peores, pero es un problema relativamente menor en comparación con lo que haces con tus cables y sus protectores.