Mejor reemplace su 1000/25 con 47uF ya que estaba en el diseño original. Asegúrese de usar el mismo tipo: ESR, temperatura, etc. A menos que sea una fuente de alimentación muy baja (menos de 1-2W) Realmente dudo que este capacitor sea un "filtro" en la salida secundaria. Puede tener una función diferente y cambiar su valor para que cambie radicalmente la forma en que el dispositivo maneja su inicio y protección. Si no puede encontrar 47/16, puede poner 47/25 V o 35 V, pero asegúrese de que la capacitancia sea 47uF y la temperatura y ESR sea como en el original.
Lo extraño que estás observando en realidad no es tan extraño. Probablemente la fuente de alimentación intenta encenderse por un segundo, va a 23 V, su retroalimentación no devuelve la señal correcta y se apaga. Después de un par de segundos, cuando se recarga su capacitor de arranque, intenta arrancar nuevamente.
Si la salida del suministro era de 12 V, es muy probable que tenga un problema de error de retroalimentación. Esta falla de retroalimentación puede haberse producido en la sobretensión de salida y en la falla del condensador de salida. La falla puede ser una unión de soldadura suelta, algún componente del circuito de retroalimentación ha fallado: TL431, optoacoplador, alguna resistencia, y finalmente puede ser el IC principal.