Mientras el oscilador solo se dirija a una ubicación, puede intercambiar los pines. En lo que se refiere al FPGA, recibe una secuencia de reloj que se desplaza medio ciclo de reloj de lo que se presenta externamente, pero eso realmente no importa. Suponiendo que solo está utilizando el oscilador como la fuente de reloj para la lógica interna, el FPGA solo necesita un flujo de bordes de reloj, no le importa si están desplazados. Si está monitoreando la actividad del FPGA con respecto al reloj externo, deberá tener en cuenta que todo se desplaza en medio reloj.
Si el reloj se enrutó a más de un lugar, siempre que todos ellos se intercambien de la misma forma, entonces no hay problema, ya que todos los relojes estarán en fase.
No estoy seguro de qué tiene que ver el acoplamiento de CA con la polaridad del reloj. Siempre puede agregar acoplamiento de CA, siempre que el lado FPGA del reloj acoplado de CA tenga algo para configurar el modo común al voltaje correcto para el umbral de entrada de FPGA. Algunas entradas FPGA tienen circuitos de polarización de entrada que hacen esto sin componentes externos.