¿Puedo usar Arduino Software e IDE para el desarrollo en Freeduino Atmega 328?

Si el "Freeduino" (no tengo idea de qué es eso) utiliza el gestor de arranque Arduino y está conectado a través de algún tipo de interfaz UART a los mismos pines UART que el Arduino, entonces sí, puede. Arduino UNO también utiliza el chip Atmel 328P, por lo que podría usarlo.

El único problema posible podría ser con la configuración del oscilador: si este Freeduino utiliza la misma configuración de oscilador que el UNO, entonces no tendrá problemas.