Cómo obtener datos de un microcontrolador a otro usando UART

No entiendo tu confusión. Desea comunicarse entre los dos controladores con UART, luego, por supuesto, ambos necesitan capacidades UART y código para esto. Su computadora tiene controladores y software para lidiar con esto, por lo que su microcontrolador también necesita un controlador para ello.

Su ATmega32 necesita la funcionalidad UART TX, mientras que AT90USB1287 necesita la funcionalidad UART RX. Después de haber escrito tanto TX como RX para su ATmega32, escribir la rutina UART RX para AT90 debería ser un problema. Podría agregar un valor de bit de algún tipo, identificando que el UART RX en AT90 proviene de su ATmega32, y pasarlo directamente a USB.

EDITAR: Código de AVRFreaks eso es escrito para at90usb1287

#include <avr/io.h> 
#include <util/delay.h> 

#define RXC      (RXC1) 
#define TXC      (RXC1) 
#define UCSRC    (UCSR1C) 
#define UCSRB    (UCSR1B) 
#define UCSRA    (UCSR1A) 
#define UDR      (UDR1) 
#define UBRRL    (UBRR1L) 
#define UBRRH    (UBRR1H) 
#define UBRR     (UBRR1) 
#define UDRE     (UDRE1) 
#define RXCIE    (RXCIE1) 
#define TXEN     (TXEN1) 
#define RXEN     (RXEN1) 
#define UCSZ0    (UCSZ10) 
#define UCSZ1    (UCSZ11) 
#define UMSEL0   (UMSEL10) 
#define UMSEL1   (UMSEL11) 

#define FRAMING_ERROR (1<<FE1) 
#define PARITY_ERROR (1<<UPE1) 
#define DATA_OVERRUN (1<<DOR1) 
#define DATA_REGISTER_EMPTY (1<<UDRE1) 
#define RX_COMPLETE (1<<RXC1) 

#define FOSC 16000000 

typedef unsigned char       Uchar; 
typedef unsigned long int   Uint32; 

#define Wait_USART_Ready() while (!(UCSR1A & (1<<UDRE1))) 

#define lowByte(w) ((uint8_t) ((w) & 0xff)) 
#define highByte(w) ((uint8_t) ((w) >> 8)) 

int main(void) 
{ 
/* Disable clock division */ 
clock_prescale_set(clock_div_1); 
   UBRRH = (Uchar)((((Uint32)FOSC)/((Uint32)USART_BAUDRATE*16)-1)>>8); 
   UBRRL = (Uchar)(((Uint32)FOSC)/((Uint32)USART_BAUDRATE*16)-1) & 0x0ff; 

   UCSRB |= (1 << RXEN) | (1 << TXEN); 
   UCSRC |= (1 << UCSZ1) | (1 << UCSZ0); 

   char ReceivedByte; 
   for (;;) // Loop forever 
   { 
      while ((UCSRA & (1 << RXC)) == 0) {}; // Do nothing until data have been received and is ready to be read from UDR 
      ReceivedByte = UDR; // Fetch the received byte value into the variable "ByteReceived" 

      while ((UCSRA & (1 << UDRE)) == 0) {}; // Do nothing until UDR is ready for more data to be written to it 
      UDR = ReceivedByte; // Echo back the received byte back to the computer 
   } 
}

debe leer el contenido del búfer de entrada USB (por ejemplo, en la interrupción de rx USB) y copiar su contenido en el búfer UART TX. Y eso es todo.

Ya tienes todo el código para configurar los puertos UART. Solo tiene que pasar los datos de un búfer RX al otro búfer de TX.

Con algo de código de pegamento (porque las cosas reales nunca son tan fáciles), esto debería funcionar.