Depende en gran medida de la placa base y la fuente de alimentación de su computadora, así como del FPGA específico (que usted no enumera) las demandas actuales.
Dicho esto, PCI es (según Linear y TI ) tiene un hotswap, requisito de administración de energía. El puerto PCI está deshabilitado a menos que una tarjeta PCI esté conectada.
Usted podría simplemente tomar la energía directamente de la fuente de alimentación. La mayoría de los estándares ATX proporcionan generosas líneas de 3.3 y 5v, por lo que puede apagar 3.3v o usar un regulador en el riel más resistente de 5v.