Bien, entonces tenía un controlador STK500 conectado a USB en COM3 virtual. Sin embargo, después de instalar y desinstalar algún software, los controladores se actualizaron y dejaron de detectar al programador.
Entonces, reinstalé los controladores STK500 y configuré el dispositivo para que usara COM4, ya que COM3 parecía estar en uso y no se pudo volver a seleccionar.
Ahora, Atmel Studio 6, en Herramientas / Programación de dispositivos, hay STK500 tanto en COM3 como en COM4. Es molesto, ya que por alguna razón, mi proyecto intenta usar COM3 en lugar de COM4 al hacer clic en 'Depurar'.
¿Cómo puedo eliminar el dispositivo COM3 desde allí? Puedo agregar dispositivos en Herramientas / Agregar destino, pero no puedo encontrar nada como 'Eliminar destino' en cualquier lugar.