Si recuerdo correctamente, el pin 13 del encabezado en Arduinos generalmente está conectado a un LED incorporado. Esto puede hacer que se comporte de manera diferente en algunas circunstancias.
La mejor manera de entender esto es examinar el diagrama del circuito de su modelo Arduino específico (o modelo compatible con Arduino)
DuemilanovePin13LEDUnoRev3Pin13LED(marcado"L")
LED: 13. Hay un LED incorporado conectado al pin digital 13. Cuando el pin tiene un valor ALTO, el LED es encendido, cuando el pin está BAJO, está apagado.
En los productos oficiales recientes de Arduino (Uno, Leonardo ...), parece que el pin 13 LED está aislado por un búfer op-amp, ¿por lo tanto el LED no debería afectar el uso del pin 13 para otros propósitos? No sé si este es el caso de los productos "compatibles" de otras compañías.
Tenga en cuenta que muchos (¿todos?) de los pines tienen múltiples funciones alternativas, si ha habilitado esas funciones alternativas, no puede usar de forma segura los mismos pines para controlar los LED, etc.
P.S. Para preguntas como esta, creo que debería publicar un diagrama de circuito para su circuito agregado (y quizás también una foto, pero no en lugar del diagrama de circuito). También es una buena idea reducir su código (boceto) al más pequeño y simple que reproduzca el problema de manera confiable e incluir ese código en su pregunta.