y bienvenido.
Claramente estás haciendo algo mal, pero no te des cuenta. Si el motor aplicado directamente a la batería no carga las baterías (y el motor gira rápido), entonces la aplicación del motor al circuito no puede causar el problema que está viendo. Como lo está viendo, sugiere que no está "simplemente aplicando el motor".
Prueba esto. Mida la resistencia del motor con su DMM (evitando que el eje gire al mismo tiempo). Ahora obtenga una resistencia del mismo valor y conéctela a las salidas del puente en lugar del motor. Si el voltaje de la batería se mantiene alto, esto muestra que hay algo extraño en el motor.
Mi apuesta sería que un conductor del motor esté conectado a la caja del motor, y que el caso esté tocando tierra. (Supongo que su motor tiene una caja metálica expuesta). O tal vez esté colocando la caja del motor de manera que esté conectando algunos de los componentes del puente y poniendo en cortocircuito uno de los transistores.
Otra posibilidad es que estoy malinterpretando tu descripción del problema. Cuando dice "el voltaje cae a .35", ¿está seguro de que está midiendo el voltaje de la batería y no el voltaje del motor?
Si es el voltaje del motor que es solo .35, eso es diferente. La primera pregunta sería, ¿cuál es exactamente la resistencia del motor que mediste anteriormente? Divida eso en 4.5 voltios y obtendrá la corriente nominal del motor. Si esta corriente supera los 50 mA, entonces el problema es que los transistores en el puente no se encienden completamente y son la causa de la caída de voltaje. En este caso, reduzca R1 - R4 a 100 ohmios y vea si eso hace una diferencia. Si la corriente nominal es más de aproximadamente 100 mA, realmente debería estar usando diferentes transistores, especialmente los PNP. Un 2N3904 tiene una corriente máxima absoluta de 200 mA, y su ganancia es bastante baja mucho antes de llegar a esa corriente.