Si simplemente los agrupó y luego los copió, deberá asegurarse de que los nombres de las almohadillas en su paquete IC sean los mismos que los cables que ha conectado a ellos.
Acabo de hacer un pequeño experimento para ver si eso es correcto y es así, necesitas cambiar el nombre de las rutas para que coincidan con las de la conexión del agujero de la almohadilla (puedes hacerlo usando la herramienta 'nombre' y haciendo clic en el botón La conexión amarilla "sin enrutar" le muestra dónde se debe realizar la conexión. Una vez que sepa el nombre, use la herramienta de nombre y cambie el nombre de las pistas a las que desea que se conecten. Es posible que tenga que hacer una pequeña conexión en el pad porque Eagle no pensará que está completamente conectado pero se mostrará con las líneas finas amarillas de nuevo si este es el caso.
Una última cosa, ¿usaste la herramienta 'ruta' o la herramienta 'cable'? La ruta es la correcta para usar, ya que continuará mostrándote las conexiones "sin enrutar" mientras las estás haciendo.