Está bien, y también es una buena práctica, ya que se guardan vias inútiles, por lo que las almohadillas y los orificios deberían además ser conductivos, con un cable o con un relleno metálico.
Entonces, cuando diseñes tu circuito, además de tratar de usar de la manera más inteligente tus dos capas, trata de usar los agujeros para los pines de los componentes lo más posible, para pasar las huellas de una capa a la otra.
Además, si el diseño es complicado, puede obtener una pista de la técnica de Manhattan, que trata de dividir las huellas en vertical y horizontal, y usar una capa para un tipo y la otra para el otro, tanto como sea posible ... para que tenga menos posibilidades de cruzar líneas en una capa.
La contraparte es que, en ese caso, debe soldar también la almohadilla superior de la placa; Si presta atención, no hay problema, pero debe tener más cuidado para evitar dañar el componente. Y también, si encuentra un error, el proceso de desoldar se vuelve más complicado también.