Sin ver un esquema, esto es difícil de responder.
Yo sugeriría que lo primero que se debe verificar es que el puerto esté REALMENTE conectado.
Esta advertencia está en su lugar para las personas lo suficientemente estúpidas como para usar una cuadrícula de 1 unidad al azar, ya que corre el riesgo de terminar la pista apenas por debajo de lo que planea conectarse.
Esto da como resultado un esquema que parece estar conectado, a distancia, pero en realidad no lo está.
De lo contrario, si se está refiriendo a un puerto que DEBE ser desconectado, considere usar una supresión ERC (la X roja) para suprimir la advertencia.
Esto significa que no le importan las advertencias / errores de este pin, porque sabe que se supone que está flotando.