señales GND que no se conectan a Polygon en Eagle

Bueno, algo tiene que ceder, ya sea que el plano de tierra tenga que ceder espacio para las pistas enrutadas automáticamente o no se puede salir automáticamente de todas las pistas. Personalmente, pondría terreno en la capa inferior y utilizaría una placa de doble cara, mucho más robusta en términos de EMC.

También parece que sus reglas de liquidación de cobre son demasiado estrictas.

Los cables amarillos restantes son donde el enrutador automático no pudo realizar las conexiones. El polígono que se conecta al cátodo del LED no está conectado al resto del plano de tierra, tiene su propia isla que está aislada eléctricamente. Esto es un problema, porque no hay ruta de retorno (de ahí el cable de aire amarillo). No me voy a tomar el tiempo para revisar su tablero, pero espero que tenga un problema similar con el otro cable. Tendrá que reorganizar sus componentes y reencaminarlos (a mano sería más confiable - Las máquinas son muy estúpidas) para asegurarse de que tiene un plano de tierra firme y que se pueden hacer todas las conexiones.

Usted está muy limitado por el requisito de una sola capa. Debe pensar con mucho cuidado e intentarlo varias veces hasta que obtenga algo que funcione.