Los motores de los discos duros IIRC funcionan a 12 V, y esa placa solo parece tener una entrada de alimentación, por lo que supongo que sería de 12 V. (He leído que 8-9V es suficiente, lo cual es razonable si la electrónica de control del motor cae algo de voltaje)
Ese podría ser el voltaje en el potenciómetro, lo que puede ser un problema, ya que el MCP solo tiene una capacidad nominal de 5.5 V como máximo. Entonces, si el resto del circuito espera que el potenciómetro varíe de 0 a 12 V, y desea que ese rango de control de velocidad, entonces puede que no funcione.
Antes de hacer nada, medía el voltaje a través de los pines externos del potenciómetro, cuando la placa se alimenta desde 12V. Si es superior a 5,5 V, perderá parte del rango de control de velocidad. Es una conjetura de 50:50, pero puede ser que pierdas las velocidades más altas. Eso puede estar bien para tu propósito.
Supongo que ha comprobado que la placa puede suministrar suficiente corriente para su motor.