A menos que alguien con más conocimientos sobre tu dispositivo ingrese aquí (y espero que lo haga), te indicaré algunos lugares donde creo que la respuesta es "sí, puedes".
Eche un vistazo a XMEGA C MANUAL en la página 137. En particular, "Tabla 12-10. Configuraciones de puertos de salida del reloj" en esa página. Allí, puede ver cómo deshabilitar la salida del reloj, en sí. Sin embargo, no creo que esto aborde los eventos del temporizador. Pero en la misma página, en la parte superior donde dice "Tabla 12-8. Selección de pines de salida de evento", también descubrirá que puede deshabilitar las salidas de eventos de manera similar. Esos dos bits forman parte del registro CLKEVOUT.
Lo que se agrega a mis propias preguntas es el hecho de que también aparecen (una o dos páginas anteriores) para analizar la capacidad de asignar puertos a puertos virtuales. Y esto trae un conjunto completo de preguntas de enrutamiento para mí. Esta familia de dispositivos parece tener barras cruzadas completas y eso hace que decirle exactamente qué hacer y cómo hacerlo sea muy difícil para alguien que no tiene experiencia con este dispositivo. Tendría que leer mucho para asegurarme de que sabía lo que estaba haciendo.
Mientras tanto, creo que puedes hacer lo que quieras. Pero mantén esto como una respuesta tentativa. Tal vez alguien bien informado con este dispositivo (o mejor capaz de interpretar la hoja de datos) pueda proporcionarle una respuesta más completa.