Las otras respuestas son correctas, una parte metálica colocada directamente en el PCB podría trazas cortas, los bordes afilados también podrían cortarlas. La máscara de soldadura es una protección pésima porque la parte se puede frotar fácilmente.
Pero como eres un novato en EAGLE:
En la lista de capas, encontrará las capas keepout y restricted que no están visibles de forma predeterminada.
restricted areas arrojará un error de DRC cuando se coloque algo de cobre (trace / pad / via), como ya ha experimentado. Por lo general, se crean como polígonos rellenos y solo se usan cuando es necesario.
keepout areas lanzará un error de DRC cuando se superpongan con otra área keepout . Esto se utiliza para indicar el contorno de una parte y para evitar que se superpongan partes. El área también puede ser un poco más grande que la parte en sí para evitar que las partes se coloquen demasiado cerca unas de otras.
Por supuesto, puedes dibujar tus propios polígonos en esas capas, por ejemplo. Para marcar áreas con altura libre demasiado baja para colocar partes. Pero desafortunadamente, la mayoría de las partes vienen sin polígonos en keepout y puede colocarlas fácilmente en su área keepout :-(