Usted tiene filtrado de salida en todos los rieles, excepto los únicos que realmente importan (+ - 9V), el filtrado LC dentro y fuera de la parte de la tapa voladora ayudará, pero lo reemplazaría por algo que no sea enorme y completamente descontrolado di / dt.
Los convertidores de capuchas voladoras son malvados desde una perspectiva de ruido, mucho más que algo así como un simple convertidor de avance con un transformador de toma central y un par de diodos rápidos.
Veo que está utilizando conmutadores no sincronizados, del tipo de frecuencia bastante baja sin sincronización, personalmente reemplazaría el lote con algunas partes más modernas en la región de conmutación de MHz, y conectaría los pines de sincronización, mucho más fácil filtrar. En el tema de los convertidores de Buck, no tiene un filtro real en el lado de entrada, por lo que no me sorprendería ver un montón de hash de conmutación en el riel de entrada, y que el LM317 tiene poco rechazo de ondulación de entrada allí arriba ...
¿Por qué incluso hacer el + 9V con la gorra voladora? Solo necesita 10mA o algo así, ¿qué pasa con un 78L09, LM317 o algo así? El riel negativo se puede generar al hacer que uno de los inductores del conmutador sea una parte acoplada, en bruto, pero lo suficientemente bueno y aún mejor que el de la tapa conmutada (No, no me gustan).
El diseño es todo con estas cosas, por lo que necesitamos ver su PCB, incluyendo (críticamente) el plano de tierra y los bits alrededor de las cosas de conversión de potencia.