Tengo una bomba de 12v que funciona bastante bien a baja velocidad desde 5v.
Sin embargo, se necesita mucha más corriente de lo que un Arduino cambiaría, por lo que necesitaría un transistor de alimentación externo para cambiarlo, y por supuesto necesitaría una fuente de 5 V lo suficientemente robusta para manejarlo. Y estoy contento con la baja velocidad, la mayoría de la gente querría el rendimiento de la bomba de 12 voltios.
Si tiene una batería lo suficientemente grande como para 5v, podría usar un convertidor elevador de 5v a 12v, que incluso podría ser directamente accesible desde el Arduino.
Cuando se consideran esas alternativas, probablemente sea mucho más fácil hacerlo de manera obvia y usar una fuente de 12 voltios, usando el regulador interno de la placa Arduino para controlar eso, y usando un transistor adecuado para cambiar la bomba.