Primero, la memoria flash es un tipo de EEPROM (memoria de solo lectura programable y borrable eléctricamente), por lo que compararlos o no tiene sentido.
Segundo, no hay una definición difícil de "flash". Es más un término de marketing. Ha convergido para significar generalmente un tipo de EEPROM que está optimizado para la densidad, generalmente a expensas de los tiempos de escritura y borrado lentos, y grandes bloques de borrado.
Por lo tanto, dado lo anterior, la memoria flash se utiliza generalmente para el almacenamiento de grandes cantidades de datos. Esos dispositivos de memoria USB han flash en el interior. De hecho, a veces se les llama "unidades flash".
En contraste, las EEPROM más pequeñas que pueden borrar y reescribir bytes individuales a menudo se usan para pequeñas cantidades de almacenamiento relativamente (en comparación con un sistema de archivos) para cosas como parámetros de configuración, coeficientes de calibración y similares.