Deberías estar usando terraplenes. Usar trazas largas para el suelo, especialmente en tu cristal, introducirá mucho ruido. Apuesto a que es una gran parte de tu problema.
Consulte la siguiente nota de la aplicación para el enrutamiento de PCB de un oscilador de cristal:
enlace
Los planos internos son muy preferidos en diseños como este. Estos le permiten soltar un par de vías directamente a tierra a través de una conexión de impedancia relativamente baja. Esto minimizará cualquier ruido y asegurará que su oscilador se comporte como se espera. Si no puede usar capas internas (está restringido a una placa de 2 capas), entonces será suficiente el desplazamiento básico del polígono, pero debe asegurarse de que tengan rutas de baja impedancia al suministro. Si vierte el cuello hacia abajo en áreas o tiene caminos largos y redondos para volver al suministro, entonces todavía tendrá problemas con el ruido.