Es poco probable, pero sí.
Un condensador y la bobina del altavoz forman un oscilador, que resonará en algunas frecuencias más que en otras. La resonancia significa que obtienes voltajes más grandes.
Agregar resonancia a un sistema puede, por lo tanto, introducir voltajes para los cuales no diseñó. Eso puede, a su vez, romper componentes sensibles al voltaje, como los condensadores.
Por qué es poco probable: el capacitor más pequeño que usaste es probablemente lo suficientemente robusto contra la sobretensión; Además, los condensadores de los altavoces tienden a ser del tipo de película de autorrecuperación, por lo que solo se notaría una reducción de la capacidad, lo que debería cambiar la respuesta de frecuencia, pero no conducir a una reducción de la potencia de salida con una señal de prueba sensible (supongo que eso es lo que quieres decir con "2x bajo", lo que sea que signifique exactamente).
Es más probable que haya problemas de cableado o un altavoz dañado.