¿Cortocircuitar los condensadores usando un transistor?

Compuse esta respuesta antes de que publicaras tu esquema. En lo que dibujó, el transistor permanecerá en el modo activo y no se comportará como un interruptor. Esto es lo que pensé que estabas describiendo:

^{simular este circuito : esquema creado usando CircuitLab}

A menos que el transistor explote (lo cual es muy probable), el Arduino estaría a salvo. En el peor de los casos, estaría bombeando alrededor de 20 mA en los diodos de protección del microcontrolador Arduino, ya que la corriente estará limitada por su resistencia. No es recomendable, pero tampoco está mal.

Pero esta idea no funcionará. La razón por la que obtiene la chispa cuando cortocircuita los terminales a mano es porque está colocando una impedancia muy pequeña muy rápidamente en un dispositivo que, básicamente, no tiene limitación de corriente. Esto vaporiza la pequeña región de metal que inicia el contacto que vaporiza e inicia el plasma que se puede ver como una chispa mientras el resto de la carga se disipa a través de él.

Si logra que el transistor cambie lo suficientemente rápido (es poco probable, ya que entran en juego varios parásitos que reducirán la velocidad de descarga) lo que obtendrá es toda esta corriente calentando el transistor, posiblemente hasta el punto de fracaso.

Con esta idea, la única manera que puedo ver para generar una chispa sería con un cable muy delgado (básicamente un fusible de bajo valor) en serie con su capacitor y transistor. El fusible se fundirá (si el transistor no lo hace), al igual que el metal en el punto de contacto.

Para poder obtener una chispa a través de un espacio fijo, debe generar altos voltajes. No corrientes altas.

Cortocircuitar los condensadores no es la mejor solución para la generación de chispas; por lo general, se realiza mediante el uso de un convertidor elevador o algún otro generador de alto voltaje, como el generador marx. Mira los esquemas de los encendedores eléctricos.

Sin embargo, con respecto a la pregunta exacta que ha formulado: casi toda la corriente fluirá a través del transistor, al arduino no debería importarle mucho. Pero le recomiendo que agregue un optoacoplador entre la base del transistor y el pin de salida arduino.