No sé a qué te refieres con "unidades a bordo", pero no suena relevante de todos modos.
Lo que aparentemente estás preguntando es sobre el protocolo. RS-485 es un estándar eléctrico solamente. Es un bus de señal única diferencial multi-caída. La forma en que se envían los bits, cómo se delimitan en bytes y lo que significan los bytes depende de la implementación. Dicho esto, la mayoría de las implementaciones utilizan señalización similar a UART. Eso significa que hay un bit de inicio, 8 (generalmente) bits de datos y un bit de parada (generalmente). Es muy probable que su protocolo use eso o algo cercano que pueda enviarse y recibirse con un UART de hardware y el transceptor de bus apropiado.
Sin embargo, ahí es donde termina la práctica común. Hay algunos protocolos publicados oficialmente más arriba que eso, pero es muy común que las implementaciones individuales se implementen. Obtienes esta información del fabricante.
Por cierto, no usaría RS-485 para nuevos diseños. CAN es eléctricamente similar en cuanto a que es un bus diferencial multipunto, pero el estándar va tan lejos como para definir paquetes enteros de hasta 8 bytes de datos cada uno, con suma de verificación, ID y otra señalización fuera de banda. Otra gran ventaja de CAN es que el hardware para enviar y recibir paquetes completos está disponible en microcontroladores pequeños.