Básicamente, por lo que percibo aquí, su impulsor alimenta un regulador, no una batería. La batería no recibe voltaje para cargarse y usted está buscando obtener el voltaje de esa batería auxiliar solo mientras se descarga al regulador.
Si eso es correcto, la batería ya está aislada.
Si está cargando la batería auxiliar, para poder probar el voltaje de la batería sin probar el cargador al mismo tiempo, necesita que se produzca una desconexión durante la prueba. De lo contrario, solo estará leyendo el voltaje del cargador y la batería (puede ser el mismo, lo más probable es que no sea así). Esto puede suceder con los transistores con bastante facilidad o podría automatizar el proceso con op-amps o microcontroladores.
El punto clave es que no puede probar la batería bajo carga sin mezclar la tensión del cargador.
Si su batería tiene un voltaje adicional, como se mencionó anteriormente, deberíamos ver el esquema del regulador para determinar si el regulador está devolviendo algo a la batería o simplemente colocar un diodo en línea para no obtener voltaje de eso como retroalimentación durante pruebas. (debe hacerse de todos modos, si no está ya en el propio regulador)
En mi opinión, esto parece un UPS y la batería auxiliar tendría que estar aislada de la fuente de entrada si tuviera que cargar y probar simultáneamente.