Echar un vistazo a la esquema de Arduino Uno explica esto, si entiendo el esquema correctamente . No tengo un Arduino Uno, por lo que no puedo verificarlo con un multímetro, por lo que podría estar equivocado.
Como entiendo por el esquema, el pin 13 del arduino, el pin SCK, está conectado a un búfer de amplificador operacional. Cuando usted (o cualquiera) carga un programa que no hace nada para anclar 13, su estado predeterminado es una entrada sin un pullup.
Cuando un pin digital se configura como una entrada sin una resistencia de extracción, tiene una alta impedancia (alta Z) y un voltaje no especificado. Puede ser 0V, pero podría ser algo así como 1.5V también. La medición dependerá de la impedancia de su medidor, entre otras cosas. Suba un boceto vacío y verifique el voltaje en los pines. Encontrará que son bastante aleatorios y no siempre son 0V .
Ahora, un pin de entrada alto en Z con, digamos, unos pocos voltios no podrá alimentar un LED. Sin embargo, este voltaje es amortiguado por el amplificador operacional del Uno y se repite en la salida. Este amplificador operacional será capaz de encender un LED, y aparentemente, lo hace.
Creo que el equipo de Arduino debería agregar una resistencia desplegable de alta resistencia (por ejemplo, 50kOhm) para hacer esto menos confuso.