Esta pregunta es similar a la de preguntar "¿Cómo sabe una manzana que existe una atracción gravitacional y que se centrará en ella?"
La respuesta básica es: la física lo dice.
Esto es similar a su ejemplo de puerta lógica. Una puerta lógica "no" es solo una simbolización de la realidad. Los científicos construyeron un dispositivo semiconductor que tenía el comportamiento de "inversión de señal" y lo llamaron "no puerta". No es al revés.
¿Por qué existe un material que puede invertir una señal? Bueno, técnicamente, no sabemos la razón "real". Solo conocemos las leyes de la naturaleza, deducidas de los experimentos.
Por ejemplo: las leyes de la física dicen que una combinación de estas:
PuertaNORdedosentradasCMOS: Fuente
Actuará como una puerta NOR que se puede usar para construir una lógica mayor. ¿Cómo sabe una puerta acerca de la electricidad? Bueno, se basa en las complejidades de las junciones de P-N y sus combinaciones. Fuente
La breve explicación de las uniones P-N se puede resumir en: "la probabilidad de dar / tomar el electrón de (químicamente) diferentes materiales".
Básicamente, diseñas un montón de estructuras P-N y actúan de forma similar a lo que los matemáticos llaman un NOR lógico.
Por cierto, creo, NOR era una puerta universal. Entonces, puedes crear otras puertas lógicas desde NOR. (Eso incluye la puerta NO)