La segunda versión no es correcta porque está compartiendo la resistencia entre varios LED en el mismo momento. La corriente que fluye a través de una resistencia única es una suma de corrientes a través de Ax, Bx, Cx y Ex (para cualquier x fija entre 0 y 7).
Supongamos que F0 está conectado a tierra en algún momento de multiplexión de tiempo. Luego, al configurar A0, B0, C0 y E0 en alto, se enciende el LED superior izquierdo en cada matriz, respectivamente. Si asume que la caída de voltaje sobre el LED es aproximadamente constante, tiene el mismo voltaje sobre la resistencia y la misma corriente a través de la resistencia, independientemente de cuántos de estos cuatro LED estén encendidos. Pero esta misma corriente se divide entre uno, dos, tres o cuatro LED, lo que da como resultado un brillo diferente según la cantidad de matrices que tenga iluminada esta posición particular.
EDITAR: Supongo que está ejecutando su multiplexor, de modo que maneja solo una de las salidas Fx en el momento y configura todas las salidas Ax, Bx, Cx y Ex en consecuencia. Si pasa por todas las Ax, Bx, Cx y Ex de forma que solo una de estas 32 salidas sea alta en cada momento, el problema descrito anteriormente no se aplica.