Si el interruptor estuviera apagado, entonces el voltaje en el colector del transistor sería de 12 voltios. El hecho de que sea más bajo que eso significa que el transistor está conduciendo, lo que hace que la tensión en el lado cercano del ventilador baje a 12.
La forma en que funciona un transistor NPN BJT es que la corriente que fluye desde la base al emisor permitirá una corriente proporcionalmente más alta desde el colector hasta el emisor. Lo que debes averiguar es cuánta corriente fluye desde la base hasta el emisor. Si eso no es suficiente para causar suficiente corriente de colector, entonces debe disminuir el valor de la resistencia.
Lo que probablemente quieras es que el transistor se sature. Esto significa que no hay suficiente voltaje (debido a la impedancia de la carga, el ventilador) para conducir más corriente a través del transistor. El aumento de la corriente de base no hará que fluya más corriente de colector en esta situación y el transistor actuará (más o menos) como un interruptor cerrado.
Dicho esto, si su entrada tiene un valor lógico alto de 5 voltios, entonces está enviando 33 mA (más o menos, la unión del emisor de base no será de cero voltios, después de todo), lo que "debería" ser suficiente para saturar ese transistor.
Me pregunto si tal vez 33 mA es demasiado corriente para el pin del microcontrolador en cuestión. Si es así, es posible que tengas (o quizás pronto) que te saques ese alfiler. Podría considerar aumentar ese valor de resistencia. 220Ω o 330Ω son valores similares a los que usaría en circunstancias similares.