La ruta de retorno del convertidor se "ensucia" mientras el convertidor está funcionando, debido a la conmutación de altas corrientes y la presencia de inductores, inductancias de fugas, capacitancias parásitas, etc. líneas de ambos.
Lo primero que puedo recomendar es poner un amortiguador en Q1 para que la suciedad causada por el sonido se desperdicie. Usted tiene un osciloscopio, por lo que su trabajo consiste en calcular los valores del amortiguador. Y recuerda, Google es tu amigo.
Y lo último que puedo recomendar es colocar un filtro de ferrita entre la tierra de la señal (es decir, la GND de Arduino) y la tierra de la energía (es decir, la GND del convertidor) para que estén cortocircuitados en términos de CC y aislados en términos de CA. También puede colocar el mismo filtro entre la salida PWM de Arduino y la entrada PWM del convertidor.
Acerca de los filtros: Puede encontrar los 1206 casos SMD con una clasificación actual de 500 mA. Busque en el sitio web de Würth.