Primero pregúntate qué tipo de agujero quieres?
Si lo que buscas es un recorte no enchapado, simplemente lo dibujaría en la misma capa en la que dibujas el contorno del tablero.
Si desea que se aplique, espero que, en ausencia de asistencia específica en su herramienta de diseño de PCB, lo mejor sea dibujarlo en una capa separada y decirle a su proveedor de PCB lo que desea.
Tenga en cuenta que incluso si dibuja un agujero cuadrado exacto, no será lo que obtenga del fabricante. El orificio se fresará con una fresa de diámetro finito. Por lo tanto, las esquinas inevitablemente terminarán con un radio al menos el del cortador.