No, los colores no importan. Usar rojo para positivo y negro para negativo es solo una convención. Ayuda a todos a comprender la forma en que está cableado el circuito, pero la corriente fluirá de la misma manera, independientemente del color que tenga el aislamiento.
Ahora, puede que le resulte útil diseñar su propio esquema de codificación por colores. Quizás las entradas al Arduino sean azules, y las salidas sean naranjas, algo así. Cualquier cosa que te ayude a mantener el cableado claro y organizado ayudará.
Los circuitos de la placa de prueba Arduino que no funcionan generalmente son causados por un error de cableado. Asegúrese de que comprende dónde están conectados los orificios del tablero y dónde no. Si puede, pídale a otra persona que revise su cableado, porque es muy común que se pierda algo si lo verifica usted mismo.