Podría usar su interrupción existente para incrementar un contador. Ya debe saber el período de su interrupción existente, así que divida el tiempo requerido por ese período y ese es el número de conteos de su contador que necesita verificar.
Por ejemplo, si su interrupción de multiplexación ocurre una vez cada 5 ms y necesita esperar 10 segundos, entonces esperaría a que su contador cuente hasta (10 / 0.005 =) 2000. Cuando vea que su contador excede ese valor, luego restablecería el contador y realizaría sus tareas periódicas.