Parte del problema aquí es que el hundimiento de la fuente de alimentación de 6V (es decir, 4X baterías AA) no tiene que ser mucho para causar un caos total en el regulador VIN a + 5V en el Arduino.
Por ejemplo, si está utilizando el Arduino Uno, hay un regulador LDO MC33269D-5.0 en la placa para regular el VIN hasta los + 5V necesarios para la operación de la placa. Este LDO se especifica que necesita un espacio libre de 1.25 V a 500 mA (1.35 V a 800 mA) por encima de la tensión de salida para garantizar un funcionamiento correcto. El valor típico en la hoja de datos dice que puede esperar que el regulador funcione con 1.0V de altura.
Esto significa que cuando está operando el Arduino con una entrada de 6V (con baterías nuevas y agradables), el voltaje de la batería requiere muy poco para llevar el LDO a un territorio indefinido y no operativo. De hecho, la operación con 4 células AA es nominalmente en el borde velludo incluso sin la carga adicional del motor. Luego, piense qué sucede cuando la batería comienza a bajar cuando se usa. Literalmente te caes del acantilado.
Debería considerar al menos un suministro de 6.5 V de algún otro tipo de fuente o comenzar a utilizar 5X AA.