Poner el diodo a través del relé es mi primera observación. Esto restringe la corriente emf de retorno de la bobina de relé a solo la bobina de relé y el diodo. Mátalo en la fuente.
A continuación, piense en planificar el diseño de su placa de pruebas / PCB. Cualquier línea de 0 V que lleve corriente de suministro a los relés (a través de los transistores de conmutación) debe desconectarse para alimentar su MCU. En otras palabras, ofrezca una alimentación de energía de 0 V decente a los emisores de los transistores y, a continuación, realice una salida desde este punto para el 0 V de su MCU.
Las perlas de ferrita son buenas para 10MHz y superiores, pero son inútiles para esto.