El voltaje de una celda alcalina puede variar desde ~ 1.65V cuando es nuevo sin carga hasta ~ 0.9V cuando se descarga (o incluso más bajo si está bajo carga pesada). (Batería alcalina - Wikipedia)
El transmisor RC para autos debería haber sido diseñado para funcionar en este rango, por lo que alimentarlo directamente desde la RaspberryPi es una buena forma de proceder.
Como lo señaló Chris, muchos productos no obtienen la máxima vida útil de las baterías y pueden dejar de funcionar antes de que se alcance el límite de 0,9 V por celda.
Lo que probablemente sea más importante es que cualquier señal lógica que conecte al dispositivo sea consistente con su fuente de alimentación, por ejemplo, alimentándolo desde un voltaje más bajo, pero el uso de 3.3V GPIO puede causar problemas.