S no es más que σ + jw. Si consideras que σ = 0 entonces te quedas solo con jw. Cuando quiere ver cómo se comporta el sistema para diferentes frecuencias, que es lo que muestra la gráfica de Bode, no considera σ porque solo necesita jw (w = 2 * pi * f, es la frecuencia angular). Esta es una de las principales razones por las que nosotros lo hacemos.
Otra forma de decir lo mismo es que, la transformada de Fourier H (jw) describe cómo se comporta el sistema para diferentes frecuencias sinsoidales. La H (s) describe cómo funciona el sistema para diferentes frecuencias sinusoidales y señales exponenciales. Cuando conecta H (jw) a una H (S), tiene la transformada de Fourier de la transformada laplace, al eliminar el factor exponencial se obtiene una función dependiente de la frecuencia pura en la cual puede realizar cualquier tipo de acción, como la respuesta de magnitud y la respuesta de fase, que no pero la trama bode.