La mayoría de los FPGA tienen un bloque de síntesis de reloj PLL que genera el reloj / s que necesita de algún tipo de fuente. Esa fuente puede ser un circuito de amplificador de cristal más externo en el chip, o un resonador externo, o un resonador en el chip, o alguna otra cosa, o una combinación / elección de múltiples opciones.
La única forma de saber la respuesta real para un chip en particular, es leer la hoja de datos de ese chip en particular. Cuando trabaje con cualquier componente eléctrico, debe obtener y leer la hoja de datos de ese componente. Esto, por cierto, también es válido para el Atmega328p en las placas Arduino. Si aún no ha leído la hoja de datos de Atmega, es probable que todavía no esté listo para pasar de los MCU AVR a los FPGA ;-)