Normalmente, sí.
Algunas placas de desarrollo se venden por debajo del costo, como incentivo para probar un nuevo procesador, y en estos casos, el vendedor puede imponer límites, como 1 a 5 ventas por cliente. Así que ten cuidado con eso: eso causaría problemas cuando de repente necesites 100. (Este es probablemente un problema mayor con tarjetas FPGA de $ 1000 que contienen FPGA de $ 2000 ...)
Los Arduinos definitivamente no entran en esa categoría, y creo que ni los Beaglebones ni la Raspberry Pi. Pero si tiene alguna duda, hable con un representante de ventas de la empresa involucrada. Y en el BeagleBone, vea el enlace en el comentario de Eugene.
Otra posible consideración es que el uso de una placa estándar, sin modificar, hace que sea más fácil para otra persona copiar su diseño y robar su mercado. Si eso es algo que se considera en su caso, un tablero personalizado aumenta la barrera para hacerlo, pero probablemente nunca pueda eliminarse por completo.
Eugene señala correctamente que la continuidad del suministro también es un problema potencial: si es posible, compre todo lo que necesita, más algunos repuestos cuando pase del prototipo a la producción. Con los tableros de código abierto como Arduinos y Beaglebones, archive los archivos de diseño del tablero: de esa manera, otro proveedor puede crear más si el suministro original se agota.