Aunque está describiendo C / Java / some-HLL, su CPU está ejecutando las instrucciones del código de máquina. (HLL es lenguaje de alto nivel).
Cuando la CPU atiende la interrupción, completará la instrucción que está ejecutando, guardará parte del estado del programa y llamará a una subrutina una rutina de servicio de interrupción (ISR). El ISR debe completar su tarea y regresar de la interrupción. La CPU restaurará el estado del programa y continuará ejecutando el programa principal como si nada hubiera pasado.
Las líneas de su programa se componen de una o más instrucciones de CPU. Puede ver esto mirando el depurador o los archivos de salida de su compilador y viendo las líneas del lenguaje ensamblador generadas para cada línea de programa. (1 línea de lenguaje ensamblador es 1 instrucción de CPU).
Las distintas partes de una cláusula if-then-else-end (o equivalente para su HLL) se llevan a cabo todas estas instrucciones de la CPU. No hay nada más especial en conseguir una interrupción en cualquier lugar durante ese tiempo, la interrupción puede ocurrir en cualquier lugar.