De los documentos de Arduino Uno R3:
Vin : la tensión de entrada a la placa Arduino / Genuino cuando utiliza una fuente de alimentación externa (a diferencia de los 5 voltios de la conexión USB u otra fuente de alimentación regulada). Puede suministrar voltaje a través de este pin o, si lo está, a través del conector de alimentación, acceda a él a través de este pin.
5V : este pin emite 5V regulados desde el regulador de la placa. La placa puede suministrarse con alimentación ya sea desde el conector de alimentación de CC (7 - 12V), el conector USB (5V) o el pin VIN de la placa (7-12V). El suministro de voltaje a través de los pines de 5 V o 3,3 V pasa por alto el regulador y puede dañar su tarjeta. No lo aconsejamos.
El Vin tiene una caída de voltaje fija de 2V, por lo que para usar Vin necesitarías un mínimo de 7V.
Si bien no es una recomendación de arduino, si sabe lo que está haciendo, tenga un 5V limpio y no lo conecte al revés, no importa si pasa por alto sus reguladores y lo conecta directamente al pin de 5V. Simplemente no tendrás ruedas de entrenamiento que eviten que dañes el tablero. Al omitir a sus reguladores se evitará la caída fija de 2V.