Analicemos el corte de baja frecuencia:
En la entrada tenemos un filtro de paso alto hecho por C2, R2 y R3. Para la señal de audio, R2 y R3 están en paralelo, por lo que se combinan 50 k Ohm.
La frecuencia de corte está en
\ $ f_c = \ frac 1 {2 \ pi RC} \ $
Para C = 0.1 uF y R = 50 k ohm que da \ $ f_c \ $ = 32 Hz
Eso es un poco alto, le sugiero que reemplace C2 con un condensador de 1 uF que bajará \ $ f_c \ $ a 3.2 Hz, eso es lo suficientemente bajo.
En la salida puede suceder algo similar dependiendo de lo que se conecte a la salida . Si se conectara a una entrada con una resistencia de entrada de 50 kohm, nuevamente obtendría un punto de corte a 32 Hz.
Sin embargo, la mayoría de las entradas de línea tienen una resistencia de entrada mucho menor, en el orden de 10 kohm. Eso moverá el punto de corte a una frecuencia mucho más alta y definitivamente escuchará eso, los 32 Hz en la entrada siguen siendo "OK-ish" pero mucho más altos que eso y el sonido sufrirá (como ha experimentado).
De nuevo sugiero aumentar el valor del condensador. Haría C4 10 uF, sí, ¡es 100 veces más grande de lo que tienes ahora!