No sé aurdino, pero esto es bastante fácil de hacer en los procesadores con los que trabajo. La respuesta son los temporizadores. Puede programar su GPIO para alternar a una frecuencia específica utilizando temporizadores. En los procesadores del brazo Lo usamos, lo hago todo el tiempo. El problema es que los GPIO proporcionarán un reloj cuadrado, si necesita una onda sinusoidal, etc., necesita hardware adicional.
Lo que también puedes hacer es que puedes obtener dos temporizadores usando GPIO y usar un simple o compuerta para combinar los relojes.
No preguntaste, pero si quieres que se encuentren en algún tipo de fase, no tienes más remedio que usar un hardware con temporizador avanzado, ya que con el software, obtener el bloqueo de fase exacto sería un desafío.