La parte más importante de cómo / dónde / cuándo para conectar un termopar es medir la temperatura lo más cerca posible de la junta bimetálica.
Desde aquí alimenta esa temperatura en tu uP y luego puedes usar el software para realizar la compensación CJC y usar los polinomios conocidos (o la ecuación lineal simplificada para rangos más pequeños) para convertir tu valor de ADC en temperatura.
En el pasado, tenemos una gran porción de aluminio y realizamos terminaciones de cable a cable a su alrededor e instalamos un LM35 para la medición de la temperatura. Esto se realizó fuera de la PCB.
Una vez dicho esto, puede hacerlo libremente con conexiones y cosas en la PCB siempre que pueda medir la temperatura lo más cerca posible de la unión bimetálica.
Para mantener la distancia lo más corta posible, considere usar terminales de tornillo y monte el LM35 cerca de los terminales de tornillo para obtener la lectura más precisa. Si realmente desea utilizar un conector, intente DB9 con la carcasa trasera de metal, ya que los chips y el metal son muy buenos para la medición precisa de la temperatura de la carcasa. Use clavijas macho en el PCB.
Supuse que estás usando un uP y un software, si no, puedes hacer el CJC en hardware, pero eso es un poco más complicado.
Espero que esto ayude.