Estoy de acuerdo con el comentario de @transistor.
La programación a nivel de ensamblador podría ser una forma mucho más rápida y efectiva de aprender inicialmente que intentar comenzar a diseñar una CPU.
Creo que diseñar una CPU sería bastante trabajo para que haga algo significativo, y sin los casos de prueba o uso adecuados, el diseño podría ser una tontería, pero no habría manera de saberlo. Para que la cosa haga algo significativo, también necesitará memoria y periféricos.
Para poner la escala de la tarea en contexto, las CPU de estilo embebido de 32 bits simples tienen más de 2000 compuertas. (Basándome en las recientes comparaciones RISC-V, intentaré encontrar el enlace) Creo que podría ser sin una interfaz de bus, o periféricos importantes como un mecanismo de comunicación o cualquier temporizador. IIRC, el tamaño de la ALU de 32 bits y los registros marca la diferencia, pero es poco probable que una CPU de 8 bits utilizable sea mucho más pequeña.
Aprender a programar en ensamblador primero sería necesario de todos modos, ya que probablemente querrá probar el diseño de su CPU, por lo que no es un desperdicio de energía.
Recomiendo el programa en C y el ensamblador con ATmega, tal vez incluso un Arduino, ya que son bastante baratos y están bastante bien documentados. El valor importante de ATmega para mí es que la relación entre C y el ensamblador es lo suficientemente buena como para que pueda escribir en C y entender el código del ensamblador con relativa facilidad.
Además, ATmega fue diseñado para ser un buen objetivo para C en sistemas integrados, y C / C ++ sigue siendo el lenguaje de alto nivel favorito para el desarrollo integrado. Por lo tanto, estaría aprendiendo sobre una arquitectura relativamente moderna diseñada para un lenguaje de alto nivel, en lugar de una programación de ensamblador.
Finalmente, no está lleno de muchos mecanismos diseñados para soportar sistemas operativos completos como Linux, por lo que hay mucho menos que aprender.
Una pregunta clave es qué quieres hacer con tu CPU?
Sin embargo, es probable que su pregunta obtenga respuestas basadas en la opinión, lo cual no es un buen ajuste.