Parece que el sensor puede tener una relación señal / ruido insuficiente en el rango de frecuencia de las señales válidas. También tiene un problema secundario porque la señal del sensor de 1 a 2 mV es demasiado pequeña para el rango de 0 a 3 V A / D. Eso se puede resolver con amplificación.
Parece que su período de señal es un poco más de 20 s. No es un seno, por lo que algunos contenidos armónicos parecen ser importantes. No ha especificado los requisitos de tiempo de respuesta o rango de frecuencia, pero digamos que cualquier cosa que supere los 2 Hz es ruido.
Dado que 2 Hz es muy lento para cualquier microcontrolador, puede usar un filtro de paso bajo analógico aproximado, muestrear mucho más rápido de lo que necesita los datos, luego el filtro de paso bajo en el firmware.
Por ejemplo, supongamos que puede muestrear a 10 kHz. Eso es 100 µs por muestra, que es mucho tiempo incluso para micros pequeños y baratos. Dos polos de filtrado de paso bajo de R-C a 500 Hz no importarán en absoluto a la señal, sino que aplastarán las señales por encima del límite de aliasing de 5 kHz. Por ejemplo:
Los dos polos en realidad son nominalmente a 480 Hz con estos valores de pieza. Este filtro iría entre el sensor y el amplificador que controla la entrada A / D. Su propósito no es hacer que la señal filtrada final, sino solo garantizar que no haya un alias cuando la señal se muestrea a 10 kHz.
En el micro, ejecuta un filtro de paso bajo que aplasta las frecuencias por encima de 2 Hz. Este filtro digital puede ser más complicado si es necesario y no sufrirá tolerancias de partes analógicas. Comenzaría con dos polos de filtrado de paso bajo a 2 Hz.
De su gráfico no está claro qué relación señal-ruido obtendrá de esta manera, pero intente eso y vea. Si reduce sustancialmente las frecuencias más allá de la señal válida y aún no tiene suficiente relación señal / ruido, entonces necesita un mejor sensor o necesita reducir los requisitos de ancho de banda.