Su desacoplamiento parece estar basado en una "creencia común" y no en una necesidad real. Realmente no necesita límites de 10uF en la entrada del 328. 1u en paralelo con 0.1uF será suficiente. Realmente no hay necesidad de un 10uF en la entrada del regulador de 5V. Su regulador funcionará bien allí, a menos que la entrada sea AC.
El resistor de límite de corriente de 330ohm para LED1 probablemente esté bien matemáticamente, pero ¿qué tan brillante necesita un indicador de alimentación? 1K (como lo que se usa en los indicadores de Arduino) suele ser suficiente para los indicadores.
Si bien no está especificado en el esquema, asegúrese de usar solo un condensador C0G (también conocido como NP0) para los condensadores del cristal.