Hay un par de cosas que debes considerar.
Un relé es bueno para manejar la corriente de arranque del motor, pero es un dispositivo mecánico con contactos mecánicos. Se desgastará si se enciende y apaga una gran cantidad de veces. Si este motor se enciende una o dos veces por hora, es una solución razonable. Si necesita pulsos cortos y precisos, puede que no sea una buena solución debido a su tiempo de conmutación.
Un FET no tiene este problema, pero debe tener cuidado con la corriente de arranque. Utilice un multímetro para medir la resistencia de CC del motor. Esto le dará una idea de la corriente de arranque y el tamaño de su FET en consecuencia. Si utiliza un FET, no olvide el diodo de retorno y agregue un disipador de calor adecuado.
De hecho, un diodo de retorno sobre el motor no sería una mala idea con un relé, ya que ayudará a prolongar la vida útil de los contactos.