Bueno, internamente, cada "carril de alimentación" proviene de la misma fuente, pero cada uno tiene su propia limitación de corriente, por lo que puede ser importante. Básicamente, los diseñadores de la unidad de suministro de energía pueden haber conectado los dos rieles con menos carga al conector y, al usar otro cable, se puede conectar el proceso a un riel con una carga más pesada, lo que puede causar problemas con la protección contra sobrecargas. Por ejemplo, podría suceder que conecte cables que compartan los mismos circuitos limitadores de corriente a la tarjeta de video (o algún otro gran consumidor) y al procesador, lo que podría causar problemas más adelante, como paradas inesperadas.
En cuanto a los cables negros, de nuevo depende. Si están conectados directamente entre sí en la PSU y no están controlados por circuitos limitadores de corriente, entonces no debería haber diferencia entre ellos. De lo contrario, podría esperar que aparezcan algunos problemas, de nuevo relacionados con los circuitos limitadores de corriente que no funcionan correctamente.
Podría abrir la fuente de alimentación, si se siente cómodo con eso, y rastrear los cables con un multímetro y encontrar exactamente dónde va cada cable, solo para estar seguro.