No hay esquema o código, por lo que esta respuesta es un poco genérica, aunque la misma pregunta puede encontrarse con un código y un esquema completamente diferentes.
Como sugirió John U., vea si puede aumentar la frecuencia de PWM o posiblemente usar un algoritmo diferente. Esta stackoverflow post sugiere un enfoque . Las compensaciones se pueden hacer entre los niveles de brillo y período.
Si esto no reduce el parpadeo suficiente, intente agregar un filtro RC entre la salida PWM y la puerta MOSFET para suavizar la forma de onda.