Quería saber si esta configuración está bien con dos motivos diferentes. El microcontrolador está encendido con 3.3V y el transistor está alimentado con 5V. Ambos motivos son separados.
Mi pregunta es si es seguro conectar el pin del microcontrolador al transistor para encender / apagar el motor? 
Todo en tu circuito necesita una referencia común. Esa es la tierra del circuito. Puede comparar los motivos separados y el disparador a lo siguiente: tome dos baterías y conecte el + del primero a través de la resistencia de 10 kΩ al - del otro. No fluirá ninguna corriente a través de la resistencia ya que, como dice Alfred, no hay un circuito cerrado.
Por lo tanto, para conducir Q1, se necesita una ruta de corriente que comience en el +3.3 V a través del microcontrolador, R5 y Q1 a tierra, y que debe cerrar el bucle, así que conecte esa tierra al - del 3.3 V. no importa que esta sea también la base para otra tensión de alimentación; Si tiene dos circuitos separados , siempre puede elegir un punto en cada uno de ellos para conectarlos, y ese suele ser el motivo.
Alfred menciona los optoacopladores y los discutimos en otras preguntas . Ahí tienes dos bases separadas porque tienes dos circuitos separados. Hay una conexión óptica pero no eléctrica entre el lado de 230 V CA y el lado de 3,3 V CC, y no es necesario que la corriente fluya de un lado al otro. Lo mismo con los transformadores. Ahí tenemos una conexión magnética , otra vez no eléctrica .
Para activar Q1, debe ser una base actual.
Si las conexiones a tierra están realmente aisladas eléctricamente, si no hay una conexión eléctrica entre las dos conexiones a tierra, no hay un circuito cerrado para la corriente de base a través de la fuente de 3.3V. No podrá encender el Q1 con el microcontrolador.
O los dos terrenos deben estar conectados entre sí en algún lugar o deberá usar, por ejemplo, un optoacoplador para conducir la base mientras se mantiene el aislamiento eléctrico entre los terrenos.
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